Центрами промышленного производства Башкортостана являются города Уфа, Стерлитамак, Салават, Ишимбай и Нефтекамск. На предприятиях этих городов производится более половины объема всей промышленной продукции Башкортостана.

Значительная доля в структуре промышленного производства приходится на топливно-энергетический комплекс (ТЭК). Его доля в общерегиональном объёме отгруженной продукции составляет до 50 %; полученной прибыли — около 70 %; поступлений в консолидированный бюджет республики — порядка 40 %; инвестиций в основной капитал — свыше 30 %; валютных поступлений — более 80 %. ТЭК Башкортостана является также значительной составной частью национальной экономики России. В прошлом году доля республики в российском объеме добычи нефти составила 2,2 %, первичной переработки нефти — 11,4 %, производства автомобильных бензинов — 16,2 %, дизельного топлива — 14,2 %, выработки электрической энергии — 2,6 %, тепловой — 3,6 %.

Ведущее нефтегазодобывающее предприятие Башкирии — ОАО «Акционерная нефтяная компания „Башнефть“», базирующаяся в г. Москве. Она ведёт свою работу в лице своего дочернего предприятия «Башнефть-Добыча» (нефтегазодобывающие управления «Ишимбайнефть», «Краснохолмскнефть», «Уфанефть», «Аксаковнефть», «Чекмагушнефть», «Арланнефть», «Туймазанефть»). На долю «Башнефти» приходится более 98 % республиканского объёма добычи нефти и практически весь объём добываемого газа.

В Башкирии вырабатываются высококачественные сорта автомобильных бензинов, керосина, дизельного топлива, минеральные удобрения. Предприятия региона выпускают половину объёма кальцинированной соды (ОАО «Башкирская содовая компания» в г. Стерлитамаке), бутиловых и изобутиловых спиртов России, более четверти химических средств защиты растений, пятую часть каустической соды, шестую часть автомобильного бензина, дизельного топлива и синтетических каучуков, седьмую часть синтетических смол и пластмасс, восьмую часть полиэтилена, десятую часть топочного мазута. В регионе находится крупнейшее в России предприятие по производству катализаторов (ООО «Ишимбайский специализированный химический завод катализаторов» в г. Ишимбае).

В машиностроительном комплексе региона около 300 крупных и средних предприятий. На них производится оборудование для предприятий нефтедобычи, нефте- и газопереработки, химии и нефтехимии (ОАО «Ишимбайский машиностроительный завод», ООО «Идель Нефтемаш» в г. Ишимбае, ОАО «Салаватнефтемаш» в г. Салавате), металлургических производств, сельского хозяйства, вертолётостроение (ОАО «Кумертауское авиационное производственное предприятие» в г. Кумертау), производство вездеходов (АО «Машиностроительная компания „Витязь“» в г. Ишимбае), автобусов (ОАО «Нефтекамский автозавод» в г. Нефтекамске) и троллейбусов (ОАО «Башкирский троллейбусный завод» в г. Уфе).

Пищевая промышленность Башкирии вырабатывает все продукты питания, необходимые населению региона. Это продукция предприятий мясной, молочной, кондитерской, ликёроводочной, пивоваренной, чайной отраслей промышленности, а также башкирский мёд. Башкортостан обладает развитой энергетической базой и обеспечивает необходимую потребность в электро- и теплоэнергии на региональном уровне. Системообразующее предприятие отрасли — ОАО «Башкирская электросетевая компания» — вырабатывается порядка 25 млрд кВт*ч электрической энергии и около 30 млн. Гкал тепловой энергии.