Экономика Башкортостана имеет многоотраслевую структуру. Отраслями специализации промышленности являются топливно-энергетический комплекс, нефтеперерабатывающая, химическая и нефтехимическая промышленность, машиностроение, лесная промышленность и др.

По объёму добычи нефти Башкортостан занимает 9-е место в Российской Федерации, по её переработке и производству нефтепродуктов — 1-е (7—16 % переработки нефти, производства автомобильного бензина, дизельного топлива и топочного мазута), по выпуску троллейбусов — 4-е, автобусов — 5-е место; производит 19 % выпускаемой в РФ каустической соды, 53 % изобутиловых и бутиловых спиртов, 58 % кальцинированной соды, является единственным отечественным производителем белой сажи и пищевой соды. Республика имеет развитую инфраструктуру, строительный комплекс.

Крупнейшие промышленные центры — Уфа, Стерлитамак, Ишимбай, Салават, Нефтекамск, Туймазы, Октябрьский, Белорецк. Характерна высокая концентрация производства, около половины промышленной продукции производится в Уфе.

Важнейшие отрасли промышленности — нефтедобыча (23 % промышленного продукта) (ООО «Башнефть-добыча»), нефтепереработка (20 %) (Башнефть-УНПЗ, Башнефть-Новойл, Башнефть-Уфанефтехим), химия и нефтехимия (16 %) (Газпром нефтехим Салават, Уфаоргсинтез, Приютовский и Туймазинский ГПЗ). Нефтеперерабатывающий комплекс Башкортостана является одним из крупнейших в Европе. Развиты машиностроение и металлообработка. Имеется также деревообрабатывающая промышленность и производство строительных материалов.

Уровень развития экономики Башкортостана в значительной степени определяет состояние электроэнергетики (13 % промышленного продукта). Её основа тепловые электростанции: Кармановская ГРЭС, Уфимские ТЭЦ-1, ТЭЦ-2, ТЭЦ-3 и ТЭЦ-4 в Уфе, ТЭЦ в Стерлитамаке и Салавате, Зауральская ТЭЦ в Сибае и Кумертауская ТЭЦ.

Сельское хозяйство зерново-животноводческого направления. Выращиваются пшеница, рожь, овёс, ячмень (зерновые культуры) и сахарная свёкла, подсолнечник (технические культуры). В республике развито мясо-молочное животноводство, мясо-шёрстное овцеводство, птицеводство, коневодство, кумысоделие и пчеловодство. Широкой известностью в России пользуется башкирский мёд.

К началу 2009 года в Башкортостане действовало 916 организаций по производству сельскохозяйственной продукции, 4214 крестьянских (фермерских) хозяйств, 588 тысяч личных подсобных хозяйств. В 2007 году в сельском хозяйстве республики было занято 285,6 тыс. чел.

На территории региона действуют 78 кредитных организаций — 11 непосредственно зарегистрировано на территории Башкирии и 67 представлены филиалами. Территориальным орган Центрального банка РФ является Национальный банк Республики Башкортостан, включающий в свой состав 10 расчётно-кассовых центров.